在《新世紀(jì)福音戰(zhàn)士OL》中，游戲劇情通過副本的推進(jìn)所展示出來，在副本的推進(jìn)之中，也會(huì)出現(xiàn)原作場景讓玩家們重溫經(jīng)典，在完成副本的同時(shí)也能看到精彩的游戲劇情。游戲里的副本分為普通副本和日常副本兩個(gè)方面。

　　[普通副本]

　　游戲中的資源主要可通過普通副本得到，普通副本中每三次為一個(gè)節(jié)點(diǎn)，節(jié)點(diǎn)存在一個(gè)節(jié)點(diǎn)boss，每章的最后為章節(jié)boss。打敗章節(jié)boss后，可獲得“使徒DNF”道具在“MAGI”系統(tǒng)中增加屬性。

　　在通過副本時(shí)，根據(jù)滿足的條件得到星星。每章副本得到的星星可在副本下兌換星級獎(jiǎng)勵(lì)，星級獎(jiǎng)勵(lì)分為9.18，27三種階段。每個(gè)階段可獲得大量獎(jiǎng)勵(lì)，越高星級獎(jiǎng)勵(lì)越豐富。

　　同時(shí)也能看到本服星星數(shù)量的排行榜。游戲普通副本的推進(jìn)都有等級限制，需要玩家滿足等級之后進(jìn)入。每通過指定的章節(jié)還能獲得章節(jié)獎(jiǎng)勵(lì)。

　　[日常副本]

　　當(dāng)你在游戲中達(dá)到26級的時(shí)候，開啟歷練中的日常副本玩法。日常副本挑戰(zhàn)不同的使徒，每個(gè)使徒有其開放的限定時(shí)間。挑戰(zhàn)不同的使徒可以得到不同的道具。

　　挑戰(zhàn)一次需要消耗10點(diǎn)電力，由于使徒非常強(qiáng)大，所以得到的獎(jiǎng)勵(lì)是根據(jù)你對使徒造成的傷害越高，獲得的對應(yīng)獎(jiǎng)勵(lì)道具也越多。